自1994年起，梅萌主任受命創辦清華科技園，自此一直從事清華科技園的建設和管理工作，對中國大學科技園的建設和發展、產學研合作等問題有著全面而深入的研究和豐富的實踐經驗。他提出的科技園“四聚模式”理論，對科技園以及區域創新體系的建設和發展都有著重要影響。
本科畢業留校后歷任清華大學校團委部長、副書記，清華大學校長辦公室主任、清華大學教育基金會副秘書長等職務。1994年創建清華科技園，長期從事清華科技園的發展建設工作。目前兼任清華科技園發展建設委員會秘書長、清華留學人員創業園主任、清華科技園創業投資有限公司董事長等職。曾發表過《大學科技園的創新職能與孵化體系》、《知識經濟的加速器--清華科技園的理念和發展戰略》、《大學科技園建設的幾點思考》等論文，對中國大學科技園的建設和發展有著全面而深入的研究和獨到的見解。

作為清華大學教授，梅萌主任還在清華大學開設了《科技創業理論與實務》、《創業機會識別與商業計劃》、《創辦新企業》等課程，致力于在大學校園培育創新人才、弘揚創業文化。